宏基因组测序研究，不需要对微生物进行分离培养，以特定环境中的整个微生物群落作为研究的对象，提取环境微生物总DNA进行研究。可进行微生物群体的物种分类、基因预测、功能注释、样品间的物种比较、基因差异分析、群体结构分析和多样性分析等;近年来，随着测序技术和信息技术的快速发展，利用新一代测序技术(Next Generation Sequencing)研究宏基因组，能快速准确的得到大量生物数据和丰富的微生物研究信息，为探求微生物与环境、微生物与宿主之间的关系提供了重要手段。